Kilden til alt liv på planeten, Elemental-krystallene, har i hundrevis av år sikret fred og stabilitet. Det endrer seg raskt når krystallen ansvarlig for vind en dag eksploderer. Når Bartz, en ung vandrer som camper med sin chocobo, ser en meteor kollidere med planeten får han fart i støvlene. Ved nærmere inspeksjon finner han to personer ved nedslagsfeltet; Lenna og Galuf, som er på et viktig oppdrag: Å finne ut hvem som står bak ødeleggelsen av krystallene. Sammen bærer det ut på eventyr for å finne ut hvem som står bak og redde planeten fra fullstendig ødeleggelse.