Siden krigen om magi for tusenvis av år siden er det et bortglemt kapittel for menneskene på denne planeten. I steden for har teknologi tatt over, og med det også fred. Det eneste som man frykter er at Emperiet, skal bringe magi tilbake til verden. Den realiteten får rakettfart når de hører rykter om en mystisk skapning, "Esper", befinner seg i gruvene i Nashe. De sender tre soldater for å hente vesenet, men en av dem, en ung jente, setter i gang hendelser som er større en noen kunne tenke seg.

Det viser seg at hun har vært hjernevasket av Kafka og husker ingenting av hva hun har gjort. Heldigvis finner hun hjelp blant en bande opprørere kjent som "The Returnerns" og sammen slår de tilbake til Emperiet og redde verden i samme slengen.

Final Fantasy VI er det første i serien sålangt som ikke har en hovedperson. I steden for tar man roller som en hel rekke forskjellige personer og grupper gjennom spillet, alle med forskjellige styrker og svakheter. Final Fantasy ble utgitt som Final Fantasy III i USA.