Et evig mørke har falt over landet Labrynna. Veran har kidnappet Tidsorakelet og bruker hennes krefter til å reise i tid å gjøre ugang. Link blir nødt å sette en stopper ved å reise frem og tilbake i tid for å stoppe Veran og redde Orakelet i klassisk Zelda-stil. Spillet er ett av to som henger sammen. Det andre, navngitt Oracle of Seasons, kan kobles sammen via GameBoy Link. Venner og fiender reiser mellom spillene og passord har forskjellige effekter på tvers av spill.